La transgenèse (modification d'un génome par introduction de fragments d'ADN, manipulations génétiques) est incompatible avec les principes de la production biologique. Les implications à long terme de l'introduction dans la chaîne alimentaire de segments génétiques modifiés par les récentes technologies sont encore trop peu connues pour pouvoir être acceptables ou même utilisées de façon restreinte en production biologique.

2.1  L'usage délibéré ou l'introduction par négligence d'organismes génétiques modifiés ou de leurs dérivés dans les systèmes d'agriculture ou les produits biologiques est interdit. Cette interdiction vise les animaux, les graines, le matériel de propagation (plants, semences, inoculants), les intrants agricoles tels que les fertilisants, les conditionneurs de sol, les vaccins ainsi que toute substance visant à protéger les récoltes.

2.2 L'utilisation d'ingrédients, additifs ou auxiliaires de fabrication dérivés de produits issus du génie génétique (OGM) est interdite dans les produits biologiques transformés.